Según el célebre Chronicon Casauriense, la abadía se construyó en una insula Piscariae hacia el año 870, a raíz de un voto hecho por el emperador Luis II durante su encarcelamiento en el ducado lombardo de Benevento. El propio Ludovico donaría más tarde al monasterio una reliquia de San Clemente, recibida directamente de manos del papa Adriano II, de la que el complejo tomó su nombre. Destruido por los sarracenos hacia 911 y reconstruido en el siglo XI, San Clemente sufrió pronto la injerencia de los normandos, que lo saquearon y devastaron; fue el autoritario abad Leonato quien reafirmó el poder político y religioso de la abadía, incluso mediante la reconstrucción del complejo, iniciada en 1176. Leonato, sin embargo, no pudo ver terminadas las obras que había emprendido, debido a su muerte en 1182. El monumento es uno de los más conocidos y significativos del arte románico de los Abruzos y ha llegado hasta nuestros días, en la forma dada por Leonato, gracias a una larga serie de restauraciones. La iglesia se caracteriza por un gran pórtico de tres arcos delante de la fachada, con capiteles y arquivoltas finamente tallados. Una verdadera obra maestra es el pórtico principal (fig. p. precedente), que lleva en sus jambas cuatro soberanos que ostentan los privilegios concedidos a la abadía y muestra tallada en el arquitrabe la historia de la adquisición de los derechos sobre la Insula Piscariae por el emperador Luis y la fundación de la primitiva abadía de la Santísima Trinidad (en el lado derecho de la abadía). Trinidad (en el lado derecho del arquitrabe), y el transporte de las reliquias del papa San Clemente a lomos de un asno desde Roma (en el lado izquierdo); en el luneto se ve a Leonato sorprendido en el acto de donar la iglesia al santo. Las grandes puertas de bronce de la puerta central, encargadas por el abad Joel y compuestas por 70 paneles (desgraciadamente faltan muchos), conmemoraban todos los castillos que poseía la abadía. Sobre el pórtico hay un oratorio que el abad Leonato quiso dedicar a la Santa Cruz, San Miguel Arcángel y Santo Tomás Becket. El interior, dividido en tres naves con un ábside único para cerrar la central, está estructurado en dos niveles diferentes entre la sala y el presbiterio debido a la presencia de la cripta, que, según algunos, es la única parte que se conserva de la construcción original. Llama la atención la extraordinaria factura del ambón de piedra con caja cuadrangular, de finales del siglo XII, con grandes flores en relieve perforadas de finísima factura, obra maestra absoluta de la escultura medieval de los Abruzos (fig. derecha); enfrente, un elegante candelabro para el cirio pascual, cuyas preciosas decoraciones de mosaico cosmatesco en la linterna lo hacen datar del siglo XIII. El altar es un sarcófago paleocristiano del siglo IV, coronado por un valioso copón del siglo XV labrado por todos lados, que también recuerda la historia de la fundación de la abadía ya vista en el portal.Dentro del altar se encontró una urna cineraria de mármol de época romana, hoy expuesta en el ala derecha del crucero, que algunos creen que se utilizó para transportar las reliquias de San Clemente.
