El monasterio, originalmente llamado de San Juan, fue fundado por los benedictinos entre los siglos X y XI en el emplazamiento de una estructura altomedieval que acogía a los peregrinos que pasaban por allí de camino al Monte Sant’Angelo; en 1311 pasó a los cistercienses y en 1568 a los frailes menores. Tras la supresión de las órdenes monásticas en el siglo XIX, pasó al Estado y luego al Ayuntamiento de San Marco in Lamis, pero durante el siglo XX el complejo volvió de nuevo a los franciscanos, que volvieron a ser sus propietarios tras una donación del Ayuntamiento. La iglesia es de una sola nave, con un monumental altar mayor de mármol policromado, valiosa obra de maestros napolitanos, que, en el edículo superior, alberga una singular estatua del siglo XVI de San Mateo dando la bendición (en el libro que sostiene el santo puede leerse la fecha de 1596); Según algunos, la obra no es más que la hábil transformación por un fraile anónimo de una estatua anterior de Cristo, remodelada con la semejanza del santo evangelista a raíz de la veneración por los fieles de una reliquia de San Mateo (un diente molar), que llegó casi al mismo tiempo que el paso del monasterio a los franciscanos. Los altares laterales barrocos están dedicados a San José (1689), la Inmaculada Concepción (1690), San Antonio de Padua (1692) y San Juan Bautista (1719). El exterior da una buena idea de la grandeza de un complejo que tiene toda la apariencia de una fortaleza y es un recordatorio de las numerosas aportaciones debidas a la presencia ininterrumpida de diversas comunidades religiosas a lo largo de los siglos. Destacan el claustro, con su gran y elegante pozo de piedra, la rica biblioteca que alberga más de 60.000 volúmenes y una importante colección de hallazgos arqueológicos.
